CEAPA hace frente a su proceso de legalización y comienza a representar a aquellos padres y madres que demandan la mejora de la educación pública y la consecución de los derechos sociales reflejados en la nueva Constitución, como la universalización de la educación obligatoria y gratuita. El sistema educativo atraviesa una fase de transformación, con una amplia construcción de centros escolares de titularidad pública, para hacer frente a la alta natalidad precedente, con movilizaciones del profesorado en defensa de sus derechos sindicales y con reacciones de los sectores más conservadores de la sociedad ante los cambios que se estaban produciendo.

CEAPA se posiciona ante las huelgas del alumnado y del profesorado de aquel período y reclama una mayor financiación para la escuela pública, reforzando su pensamiento y representatividad en el sector de padres y madres de todo el Estado. Hasta marzo de 2018 CEAPA funcionó con un Secretariado.

El Ministerio de Educación pone a disposición de la comunidad educativa un “libro blanco” para la reforma educativa, con el objetivo de que hiciera sus aportaciones para la redacción de una nueva ley, y para el cual CEAPA presenta varias propuestas. Fruto de estos debates será la Ley Orgánica General de Ordenación de Sistema Educativo (LOGSE) de 1990, que extiende la educación obligatoria hasta los 16 años, al igual que ya existía en el resto de Europa, y establece una educación compensadora de desigualdades individuales y colectivas. Desde marzo de 1988 a junio de 1992, la CEAPA estuvo presidida por Paca Tricio Gómez.

CEAPA critica las carencias en la financiación de la educación pública y denuncia que una nueva ley sobre participación (la LOPEG) recorta las atribuciones de los consejos escolares y da más poder a los claustros de profesores en el control y gestión de los centros. La Confederación fortalece sus áreas de formación y comunicación, y fija su pensamiento en temas como escuela rural, necesidades educativas especiales, laicismo, jornada escolar, etc. Desde junio de 1992 a junio de 1996 Francisco Delgado fue presidente de CEAPA.

El Partido Popular llega al poder y inicia una campaña de desprestigio de la LOGSE y de las políticas educativas comprensivas que esa ley comprende, a las que culpa del fracaso escolar. El Gobierno prepara a la opinión pública para los futuros recortes a la educación pública y compensadora de desigualdades y a la participación de la comunidad educativa, ante la cual la Plataforma por la Escuela Pública, liderada por CEAPA, realiza una masiva movilización. Además, la Confederación recoge más de 600.000 firmas con las que logra elevar al Parlamento una Iniciativa Legislativa Popular por la gratuidad de los libros de texto. En este período, Carlos Ladrón de Guevara fue presidente de CEAPA. En el período de junio de 1996 a junio de 2000, Carlos Ladrón de Guevara fue presidente de CEAPA.

El Gobierno elabora la Ley Orgánica de Calidad de la Educación (LOCE), que prevé el establecimiento de itinerarios educativos en la ESO, que a la postre significarán la segregación de alumnos por capacidades y clases sociales, recortes en la participación y religión prácticamente obligatoria para todo el alumnado. CEAPA lidera la oposición a estas políticas regresivas y coordina su estrategia con otras organizaciones de la Plataforma por la Escuela Pública. Lali Vaquero ocupó la presidencia desde junio de 2000 hasta junio de 2002, y Maite Pina desde junio de 2002 hasta junio de 2004.

El nuevo gobierno socialista deroga la LOCE e impulsa la LOE, una ley que restablece la educación comprensiva, incorpora la adquisición de competencias básicas y el establecimiento de programas de refuerzo, orientación y apoyo. El reconocimiento de esta ley de que tanto las escuelas públicas como las concertadas forman parte del «servicio público de educación» genera discusiones internas. CEAPA firma el pacto por la convivencia escolar con organizaciones educativas de distinto signo, e insiste en la necesidad del trabajo conjunto entre madres-padres, profesorado y alumnado para poder afrontar los retos de la educación del siglo XXI. Lola Abelló fue la presidenta de CEAPA desde junio de 2004 a junio de 2008.

Desde junio de 2008 a marzo de 2011, tiene la presidencia de CEAPA Pedro Rascón Macías. CEAPA mostró su disposición a dialogar sobre propuestas concretas para la mejora del sistema educativo ante el anuncio del Ministro de Educación, Ángel Gabilondo, sobre un Pacto Social por la Educación. Ante esta posibilidad, distintas organizaciones, entre ellas CEAPA, presentaron un manifiesto “Por una escuela pública, laica, gratuita, democrática y de calidad”. CEAPA expuso en varios documentos presentados, ante el Pacto por la Educación, que el objetivo del sistema educativo debía ser lograr el éxito escolar de todo el alumnado y garantizar la igualdad de oportunidades para todos los niños y niñas. En uno de los documentos CEAPA exigió incrementar la inversión pública en Educación hasta alcanzar el 7% del PIB.

Jesús María Sánchez Herrero fue presidente de CEAPA desde marzo de 2011 a junio de 2014, siendo éste un periodo marcado por los recortes en Educación. Con el cambio del Gobierno Central y el anuncio de una nueva reforma educativa, la LOMCE, CEAPA mostró su rechazo por considerar que era necesario un pacto social de la comunidad educativa antes que se planteara cualquier cambio legal en una normativa del sistema educativo. Asimismo, también presentó un informe sobre las posibles vulneraciones de la Constitución Española por la LOMCE. Estos años también están marcados por las huelgas de educación de todas las enseñanzas y etapas. CEAPA convoca, por primera vez en su historia, dos huelgas de padres y madres. En la primera ocasión se coincide en la convocatoria con el sector estudiantil. En la segunda, la convocatoria se realiza por toda la Comunidad Educativa. En esta etapa, la Comisión Permanente del Consejo Escolar del Estado, en la que participa CEAPA, aprobó una propuesta histórica sobre la gratuidad de la enseñanza, las becas y ayudas, el mantenimiento de los libros de texto, la elaboración de materiales curriculares y didácticos por los docentes, el impulso y mantenimiento de los bancos de libros, así como los proyectos educativos para caminar hacia un nuevo modelo educativo.

De junio de 2014 a junio de 2016, la CEAPA está presidida por Jesús Salido Navarro. Durante estos años se potencia el debate sobre los deberes, la gratuidad total y las campañas sobre las consecuencias de las pruebas de 3º de Primaria. El compromiso de los partidos políticos de derogar la LOMCE, tiene un lugar destacado.

José Luis Pazos Jiménez está al frente de la CEAPA desde junio de 2016 a junio de 2017. CEAPA comparece ante la Subcomisión de Educación en el Congreso de los Diputados, que buscaba un pacto educativo para derogar la LOMCE. En este periodo se da un gran impulso a la campaña “En la escuela falta una asignatura: mi tiempo libre”, pues desde CEAPA creemos que los deberes: son un método de aprendizaje erróneo; sobrecargan al alumnado; suponen una intromisión e injerencia en la vida familiar y el tiempo de ocio; generan situaciones de desigualdad; y vulneran los derechos de los niños y niñas.

En junio de 2017, Leticia Cardenal Salazar toma la presidencia de CEAPA. Entre las propuestas a desarrollar están: Poner en marcha un plan específico de formación de la Junta Directiva y de los representantes de las federaciones y confederaciones; Llevar a cabo una revisión de la situación de las diferentes federaciones y confederaciones integradas en CEAPA para poner en marcha actuaciones que potencien nuestro movimiento asociativo y recuperar el respaldo perdido de las instituciones; Seguir trabajando con las organizaciones internacionales para llevar la voz de las familias y la defensa de la Escuela Pública mediante la posibilidad de consensuar la creación de una Confederación Internacional.